Um rapaz de oito anos, Bruno, é o protegido filho de um agente nazi cuja promoção leva a família a sair da sua confortável casa em Berlim para uma despovoada região onde Bruno não encontra nada para fazer nem ninguém com quem brincar. Esmagado pelo aborrecimento e traído pela curiosidade, Bruno ignora os constantes avisos da mãe para não explorar o jardim, por detrás da casa, e dirige-se à quinta que viu ali perto. Nesse local, Bruno conhece Shmuel, um rapaz da sua idade que vive numa realidade paralela, do outro lado da vedação de arame farpado. O encontro de Bruno com este rapaz de pijama às riscas vai arrancá-lo da sua inocência e resultar no despontar da sua consciência sobre o mundo adulto que o rodeia. Os repetidos e secretos encontros com Shmuel desaguam numa amizade com consequências inesperadas e devastadoras.